Sindirim Sistemi Cerrahisi, vücudun sindirimle ilgili kısımlarındaki hastalıkların ameliyatla tedavisidir. Buna yemek borusu, mide, ince bağırsak, kalın bağırsak ve rektum dahildir. Ayrıca karaciğeri, safra kesesini ve pankreası da içerir.
Sindirimi sisteminin kanserli veya kanserli olmayan bir bölümü veya hasar görmüş kısmını çıkarmak için ameliyat kullanılabilir. Bu ameliyatlar karın büyük kesiklerle açılarak veya minik deliklerden laparoskopik denilen kapalı yöntemlerle yapılabilir.

Aşağıda ameliyatla tedavi edilebilecek sindirim sistemi hastalıkları özetlenmiştir:

Apandisit. enfeksiyon kaptığında ve iltihaplandığında çıkarılabilir (apendektomi).

Kolon kanseri ve diğer gastrointestinal kanserler. Sindirim sistemindeki kanserli tümörleri ve sindirim sisteminin kanserli kısımlarını çıkarmak için ameliyat yapılır.

Divertiküler hastalık. Divertikül kolonda (kalın bağırsak) küçük bir kese veya ceptir. Araştırmacılar bunların neden geliştiğinden emin değiller. Bazen iltihaplanıp ağrıya (divertikülit) neden olabilirler. Bu genellikle ameliyat olmadan yönetilir. Birisinde sıklıkla iltihaplanan çok sayıda divertikül varsa, doktor bağırsağın bu kısmının çıkarılması için bağırsak rezeksiyonu ameliyatı önerebilir.

Safra kesesi rahatsızlığı. Safra kesesinde bir sorun olduğunda (genellikle safra taşları) safra kesesi alınabilir. Safra kesesinin çıkarılması ameliyatına kolesistektomi denir.

Gastroözofageal reflü hastalığı (GÖRH) ve Mide fıtıkları. GÖRH veya asit reflü, mideden gelen asidin yemek borusuna geri dönmesi ve mide yanmasına neden olmasıdır. Bazen mide fıtığı nedeniyle olur. Cerrah bunu düzeltmek için fundoplikasyon adı verilen bir ameliyat yapabilir. Cerrah, varsa fıtığı düzeltecek ve daha sonra midenin üst kısmını yemek borusunun alt kısmına sararak asidin yemek borusuna kaçışını engelleyen kapağı güçlendirecektir.

Fıtık. Fıtık, vücudun bir kısmının (bağırsak gibi), kendisini koruması gereken (karın gibi) kas veya bağ dokusu duvarındaki bir delikten veya zayıf noktadan çıkmasıdır. Deriden geçmez ama deri altında olmaması gereken bir şişlik hissedilebilir. Aynı zamanda acı verici de olabilir. Cerrahlar deliği veya zayıf noktayı onarabilirler.

İnflamatuar bağırsak hastalığı (Crohn hastalığı ve ülseratif kolit). İnflamatuar bağırsak hastalığında bağışıklık sistemi bağırsaklara saldırır ve ağrı ve iltihaplanmaya neden olur. Bu bağırsakta hasara yol açabilir. Bazen hasarlı kısımlar çıkarılıp sağlıklı kısımlar yeniden bağlanır. Buna bağırsak rezeksiyonu denir.

Rektal prolapsus. Cerrahi, bağırsağın bir kısmının anüsten çıkması durumu olan rektal prolapsusun tedavisinde kullanılır.

Bariatrik Cerrahi. Obeziteyi tedavi etmek için farklı tipte bariatrik cerrahi (örneğin tüp mide-gastrik bypass) yapılabilir. Bu ameliyat genellikle bariatrik cerrahi uzmanı tarafından yapılır.

Gastroskopi-Kolonoskopi. Sindirim sistemindeki sorunları taramak ve teşhis etmek için endoskopi adı verilen cerrahi bir prosedür kullanılır. Mideye yapılan endoskopiye Gastroskopi, kalın bağırsağa yapılana Kolonoskopi ismi verilmektedir. Bu işlemlerle sadece tanı değil tedaviler de yapılmaktadır.